2006년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선에는 아시아 축구 연맹에 소속된 팀들 가운데 FIFA에 가입된 44개국이 참가한다. 그러나 캄보디아, 필리핀, 부탄, 브루나이는 예선에 참가하지 않기로 하였고, 미얀마는 예선에 참가하는 것을 거부당하여, 총 39개 팀이 참가하여 4.5장의 티켓을 두고 예선을 치렀다.
아시아 지역 예선은 세 단계로 나뉘어 치러진다. 2003년 10월 기준 FIFA 랭킹이 낮은 14개 팀이 참가하는 1라운드는 두 팀이 홈 앤드 어웨이 방식으로 경기를 하여 승자가 다음 라운드로 진출하는 방식이다. 2라운드에서는 1라운드에서 올라온 7팀과 나머지 25개 팀까지 32개 팀이 네 팀씩 여덟개 조로 나뉘어 홈 앤드 어웨이 방식으로 경기를 하여 각 조의 1위가 다음 라운드에 진출하게 된다.
3라운드에서는 2라운드에서 올라온 8개 팀이 두 조로 나누어 각 조의 1, 2위 팀은 월드컵 본선에 직행하게 되고, 각 조 3위 팀간에 플레이오프를 거쳐 승리팀이 북중미카리브 지역 예선 최종라운드의 4위 팀과 대륙간 플레이오프를 펼쳐 0.5장의 티켓의 향방을 가리게 된다.
괌과 네팔의 경기에서는 네팔이 먼저 기권하면서 괌이 부전승으로 2차 예선에 진출할 예정이었지만 괌 역시 네팔의 뒤를 이어 기권을 선언하면서 FIFA에서는 "럭키 루저"(lucky loser, 행운의 패자)를 뽑기로 결정하였다. 탈락된 팀들 가운데 첫 번째로 승점, 두 번째로 골득실, 마지막으로 다득점을 비교해서 1위를 결정하여 그 팀이 2라운드에 진출하도록 결정한 결과 스리랑카와 0-0으로 비긴 라오스가 2차 예선에 진출하는 행운을 얻었다.
우즈베키스탄과 바레인의 플레이오프 1차전 경기는 우즈베키스탄이 1-0으로 앞서고 있던 상황에서 나온 우즈베키스탄의 페널티킥 과정에서 일어난 반칙으로 인해 심판이 우즈베키스탄에게 다시 페널티킥에 나설 것을 명령하는 대신에 실수로 바레인에게 프리킥을 선언한 사실이 문제가 되어 FIFA로부터 무효 처리가 되었으며 나중에 재경기가 진행되었다.[1]
아프가니스탄
마카오
타지키스탄
스리랑카
키르기스스탄
몰디브
네팔
바레인
트리니다드 토바고