2004년 코파 아메리카 우승 팀인 브라질은 이미 2002년 FIFA 월드컵 우승 팀 자격으로 진출이 확정된 상태였다. 일반적으로 이런 경우에는 FIFA 월드컵 준우승 팀이 진출하게 되어 있었지만 당시 2002년 FIFA 월드컵 준우승 팀이었던 독일은 2005년 FIFA 컨페더레이션스컵 개최국 자격으로 자동으로 진출한 상태였다. 이에 따라 2004년 코파 아메리카 준우승 팀인 아르헨티나가 추가로 진출하였다.
같은 대륙별 축구 연맹에 속한 팀끼리는 같은 조에 넣지 않는다는 원칙에 따라 유럽 축구 연맹(UEFA), 남아메리카 축구 연맹(CONMEBOL)에 속한 팀들은 서로 다른 조에 배정되었다. 독일이 A조 1번째 자리(A1), 브라질이 B조 1번째 자리(B1)에 각각 자동으로 배정되었으며 아르헨티나는 A조, 그리스는 B조에 각각 배정되었다.