Στις πρόωρες εκλογές που προκηρύχθηκαν για τις 10 Οκτωβρίου, η Ν.Δ. ηττήθηκε με ποσοστό 39,3% και επανήλθε στη θέση της Αξιωματικής Αντιπολίτευσης. Αμέσως μετά, ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης παραιτήθηκε από πρόεδρος του κόμματος. Νέος πρόεδρος εξελέγη, από την Κοινοβουλευτική Ομάδα, ο Μιλτιάδης Έβερτ με 141 ψήφους, έναντι 37 ψήφων του Ιωάννη Βαρβιτσιώτη.
Τον Απρίλιο του 1994, πραγματοποιήθηκε το 3ο Συνέδριο της Νέας Δημοκρατίας στην Χαλκιδική με συμμετοχή 1.300 συνέδρων, όπου εγκρίθηκε το νέο καταστατικό του κόμματος, το νέο πλαίσιο του κυβερνητικού προγράμματος και επιβεβαιώθηκαν οι ιδεολογικές αρχές του κόμματος.[3] Στις ευρωεκλογές του ίδιου έτους, το κόμμα βγήκε δεύτερο με ποσοστό 32,63% και 9 από τις 25 έδρες, ενώ στις δημοτικές και νομαρχιακές του ίδιου έτους κέρδισε τους δύο από τους τρεις μεγάλους δήμους, την Αθήνα και την Θεσσαλονίκη, εκλέγοντας ταυτόχρονα και δώδεκα νομάρχες.
Το 1996, προκηρύχθηκαν πρόωρες εκλογές για τις 22 Σεπτεμβρίου 1996, όπου η Νέα Δημοκρατία αναδείχθηκε δεύτερη, συγκεντρώνοντας 38,12% και 108 έδρες. Αυτό οδήγησε τον Μιλτιάδη Έβερτ σε παραίτηση και την κίνηση διαδικασίας για εκλογή νέου προέδρου, όπου ο Έβερτ υπερίσχυσε του Γιώργου Σουφλιά με ψήφους 103, έναντι 84, και επανεξελέγη στην ηγεσία του κόμματος. Τον Μάρτιο του 1997, διεξήχθη το 4ο Συνέδριο της Νέας Δημοκρατίας στην Αθήνα, με θέμα την ψήφιση νέου καταστατικού και προγράμματος, καθώς και την εκλογή προέδρου από διευρυμένο εκλεκτορικό σώμα. Στην πρώτη ψηφοφορία, ο Κώστας Καραμανλής συγκέντρωσε ποσοστό 40,73%, ο Γιώργος Σουφλιάς 30,52%, ο Μιλτιάδης Έβερτ 25,34% και ο Βύρων Πολύδωρας 3,40%. Στην δεύτερη ψηφοφορία ο Καραμανλής εξελέγη πρόεδρος με 69,16%, έναντι 30,84% του Σουφλιά.